Japonya'nın kültürü, ülkenin tarih öncesi Jōmon döneminden, Asya'dan ve dünyanın diğer bölgelerinden etkileri emen çağdaş modern kültürüne kadar, bin yılda büyük ölçüde değişti.
Japon halkının ataları gizemini koruyor; ancak, Japon halkının soyunu açıklamaya çalışan iki rakip hipotez vardır. İlk hipotez, Japon popülasyonlarının yerli Jomon halkının soyundan geldiği ve daha sonra Yayoi halkı olarak bilinen Doğu Avrasya kıtasından gelen insanların geldiği ikili bir yapı modeli önermektedir. Japonya'nın yerli kültürü, esas olarak MÖ 1000 ile MS 300 yılları arasında Japonya'ya yerleşen Yayoi halkından gelmektedir. Yayoi kültürü, yerel Jōmon kültürüyle karışarak ana Honshū adasına yayıldı. Modern Japonların tahminen %80'i Yayoi ve %20'si Jōmon soyuna sahiptir.
İkinci hipotez, genomik kökenli üçlü bir model varsayar. Bu hipotez, çağdaş Japon halkının üç farklı ata grubundan olduğunu ileri sürer: sırasıyla %13, %16 ve %71 genetik soy ile Jomon, Yayoi ve Kofun. Kofun döneminde Çin'den gelen göçmen gruplarının Japonya'ya gelip adaya yerleşerek çeşitli kültürel gelişmeleri ve merkezi liderliği getirdikleri söylenmektedir. Kofun döneminde Japonya'ya gelen göçmenlerin, Çin'in Han Çinli nüfusunun soyuna benzeyen bir soyları olduğu görülüyor. Jomon halkı avcı-toplayıcıydı; Yayoi halkı pirinç ekimini başlattı ve Kofun göçmenleri emperyal devlet oluşumunu başlattı.
Japon kültürü, antik çağlardan Orta Çağ'a kadar, önemli ölçüde Tang Hanedanlığı'ndan ve daha az ölçüde diğer Asya ülkelerinden türetilen birçok Çin hanedanından etkilenmiştir. Örneğin, Japonca yazmak için kullanılan yazılardan biri Çince karakterlerdir (kanji), ancak Japonca'nın Çince ile genetik bir ilişkisi yoktur. Meiji döneminden beri Japonya, öncelikle Batılı ülkelerden etkilenmiştir.
Japonya sakinleri, Tokugawa Şogunluğu sırasında "Kara Gemiler" ve Meiji döneminin gelişine kadar 220 yılı aşkın bir süredir dış dünyadan uzun bir göreceli izolasyon yaşadılar.
Bugün, Japonya kültürü, özellikle popüler kültürünün küresel erişimi nedeniyle, dünyadaki en etkili kültürlerden biri olarak duruyor. 2021'de US News & World Report, Japonya'nın kültürel etkisini Asya'da en yüksek ve dünya çapında 5. olarak sıraladı.
